Die Dauerausstellung des Museums wurde im Jahr 2000 in Zusammenarbeit mit einer professionellen Ausstellungsagentur völlig neu gestaltet. Sie 
enthält auf mehr als 400 Quadratmetern Fläche zahlreiche interaktive Elemente und verschiedene Informationsebenen für die Besucher. Hunderte einzigartige originale Sammlungsstücke aus 10.000 Jahren werden veranschaulicht durch Dioramen, Modelle, Hörstationen, Tierpräparate und experimentelle Stationen. Die Texttafeln sind nach modernsten museologischen Kriterien übersichtlich und verständlich geschrieben. Eine besondere Attraktion ist ein begehbarer Kleinstwohnwagen aus dem Jahr 1965.
In allen Räumen befinden sich Bänke zum Ausruhen oder Innehalten. Darüber hinaus stehen transportable Klappsitze zur Verfügung. Drei Viertel der Ausstellungs können barrierefrei über einen Fahrstuhl erreicht werden.
Der Museums-Shop bietet eine reiche Auswahl qualitätvoller regionaler Literatur einschließlich antiquarischer Bücher sowie hochwertige Souveniers.
Fünf Abteilungen in drei Etagen
Treppenhaus: Abteilung Ur- und Frühgeschichte
1. Obergeschoss: Abteilung Stadt und Festung Rinteln
2. Obergeschoss: Abteilung Hexenverfolgungen und Abteilung Universitätsgeschichte
3 Obergeschoss: Abteilung Weser
